Terdapat beberapa kriteria-kriteria asas dalam sistem pendidikan di pondok sehingga dapat melahirkan ramai ilmuan agama yang terkenal. Di antara kriterianya ialah mengamalkan sistem pondok sepenuhnya. Walaubagaimanapun, terdapat beberapa pondok kini yang telah dilengkapi dengan sistem yang unik seperti silibus yang teratur, carta organisasi, ahli jawatankuasa pondok dan sebagainya.
Pengajian dan pembacaan kitab seperti kitab-kitab turath bermula daripada kulit ke kulit. Ini bermaksud Tuan Guru akan memulakan pembacaan sesuatu kitab daripad kulit depan yang dimulai dengan tajuk dan seterusnya diikuti dengan muka surat berikutnya. Tiada langkauan atau skip dibuat oleh Tuan Guru apabila membaca kitab-kitab ini. Tuan Guru akan membaca baris dan baris sehingga pelajar memahaminya dan akan diulang sekiranya pelajar tidak faham.
Pengijazahan sanad juga dilakukan selepas tamat sebuah kitab dibaca dan pelajar telah menguasai ilmu yang dipelajari. Sesetengah pusat pengajian pondok sangat menitik beratkan pengijazahan sanad oleh Tuan Guru kepada pelajar yang sudah tamat pengajian sesebuah kitab. Ini berdasarkan kata-kata Abdullah bin Al Mubarak dalam sebuah kitab al -Mawahib al-Ilahiyyah fil Asanid al- alia yang bermaksud: “Sanad setengah itu daripada agama. Kalau tidak ada sanad maka akan berkata orang yang hendak
berkata itu apa-apa yang dia hendak kata (Hadis Muslim).
Ini bermaksud jika seorang itu hendak bercakap, beliau mestilah merujuk kepada seorang Ulama atau Tuan Guru terlebih dahulu. Jika tidak ada sanad daripada gurunya maka dia akan bercakap mengikut hawa nafsunya sahaja tanpa merujuk kepada nas al-Quran dan al-Hadis.
Firman Allah SWT yang bermaksud:
Wahai orang-orang yang beriman, kenapakah kamu mengatakan sesuatu yang tidak kamu kerjakan? Amat besar kebencian di sisi Allah bahawa kamu mengatakan apa-apa yang tidak kamu kerjakan (Surah as-Saff: 2-3).
Maksud ayat Al-Quran ini jelas menunjukkan bahawa seseorang pengajar atau guru itu perlulah melakukan setiap kata-kata yang dilontarkan daripada mulutnya. Ini kerana Allah SWT membenci apabila manusia itu berkata tetapi dia tidak melakukannya. Oleh yang demikian, tugas sebagai pendidik amatlah berat dan merupakan amanah daripada Allah SWT yang paling besar.
Disamping itu, pendidikan di pondok sangat menitikberatkan akhlak, sikap mujahadah dan berdikari. Ini kerana kebanyakan pondok, Tuan Guru tinggal berdekatan dengan pondok penginapan pelajar. Oleh itu hubungan yang sangat erat terjalin di antara Tuan Guru dan pelajar. Setengah daripada mereka memanggil dengan gelaran seperti Baba untuk Tuan Guru dan Mama untuk isteri kepada Tuan Guru. Segala aktiviti harian dapat dipantau oleh Tuan Guru.
Guru-guru yang mengajar di pondok tidak menerima gaji dan elaun tetap bahkan merekalah yang menginfakkan sebahagian wang mereka untuk pendidikan di Pondok. Mereka mengajar dengan ikhlas dan penuh ketekunan.
Sistem pendidikan sekolah pondok melahirkan manusia yang mampu berdikari. Selain itu, sekolah pondok banyak bertumpu kepada pembangunan insan. Banyak pelajaran yang langsung boleh dipraktikkan di tengah masyarakat. Di samping itu, di sekolah sentiasa ada pengisian, selepas maghrib dan selepas subuh. Setiap Khamis pula ada majlis muhadarah Setiap minggu ada pidato dipantau oleh guru